Le département de l'Yonne est traversé, du sud vers le nord, par la rivière qui lui a donné son nom, l'Yonne, affluent de la Seine, qui la rejoint à Montereau-Fault-Yonne (Seine-et-Marne). L'Yonne fait partie de la région Bourgogne. Elle est limitrophe des départements de l'Aube, de la Côte-d'Or, de la Nièvre, du Loiret et de Seine-et-Marne.